В соответствии с Уставом Муниципального автономного дошкольного образовательного учреждения «Детский сад № 16 оздоровительной направленности» структурные подразделения отсутствуют.
Управление Учреждением строится на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности. Управление Учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации с учетом особенностей, установленных Федеральным законом № 273-ФЗ, муниципальными правовыми актами органов местного самоуправления муниципального образования Киришский муниципальный район Ленинградской области и Уставом.
Единоличным исполнительным органом Учреждения является заведующий Учреждением. В Учреждении работают коллегиальные органы управления, к которым относятся: Наблюдательный совет Учреждения; Общее собрание работников Учреждения; Педагогический совет Учреждения.